Działalność naukowo-badawcza realizowana w Uniwersytecie obejmuje podstawową działalność statutową, badania własne, projekty badawcze, projekty celowe, inwestycje służące potrzebom badań naukowych lub prac rozwojowych, działalność wspomagająca badania, programy określone przez Ministra, finansowanie utrzymania specjalnego urządzenia badawczego w jednostkach naukowych, projekty finansowane z funduszy strukturalnych,  programy Unii Europejskiej, prace zlecone przez podmioty gospodarcze, dotacje na dofinansowanie zadań badawczych.

W 2009 realizowane były 172 tematy statutowe i 174 tematy własne. Tematy badawcze skupione są w 47 problemach badawczych, formułowanych w powiązaniu z priorytetami: uczelnianymi, krajowymi i europejskimi. W większości są to tematy zawierające kilka zadań badawczych.

Projekty badawcze realizowane w Uniwersytecie, finansowane przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, zwane grantami, obejmują projekty: promotorskie mające na celu przygotowanie pracy doktorskiej; własne, w tym projekty habilitacyjne, o tematyce określonej przez wnioskodawcę; zamawiane o tematyce ustalonej w krajowym programie ramowym lub w programie wieloletnim; rozwojowe mające na celu wykonanie zadania badawczego stanowiącego podstawę do zastosowań praktycznych; celowe obejmujące badania przemysłowe; specjalne będące częścią międzynarodowych programów, niepodlegające współfinansowaniu z zagranicznych środków finansowych.

Projekty badawcze zwane grantami uczelnianymi finansowane są ze środków przeznaczonych na badania własne. Rozpatrywane i kwalifikowane są do realizacji,  maksymalnie na okres 24 miesięcy przez Senacką Komisję Nauki.

W uczelni realizowanych jest 212 projektów badawczych finansowane przez MNiSW.

Aktualna kategoryzacja Wydziałów - TUTAJ.

Uniwersytet aktywnie tworzy funkcjonalne centra badawcze i klastry. Aktualnie w UWM działa siedem centrów badawczych (Centrum Badań Energii Odnawialnej, Centrum Badań i Rozwoju Mleczarstwa, Centrum Badań Europy Wschodniej, Centrum Badań Społecznych, Centrum Badań Żywności Naturalnej i Tradycyjnej, Centrum Nutri-Bio-Chemiczne, Centrum Innowacyjnych Technik Diagnostycznych i Terapeutycznych). Uczestniczymy w tworzeniu pięciu klastrów: Kętrzyński Klaster Energii Odnawialnej, Bałtycki Klaster Ekoenergetyczny, Klaster Browarniczy, Klaster Mleczarski, Warmińsko-Mazurski Klaster „Razem Cieplej”. Ponadto UWM w Olsztynie jest członkiem Konsorcjum Centrum Zaawansowanych Technologii RIMAMI.